寄生動物はもともとは自由生活をする種から進化したと考えられている。寄生性の獲得は、独自に、何度も起こったようである。
寄生生活への適応の結果、形態の大きな変化が起こる。吸収や附着、生殖に関する器官が発達する一方、多くの場合に消化器官、感覚器官や運動器官が大幅に退化する。そのため、ある動物門から進化した寄生性のタクソンが、形態の違いにより、独立門と見なされてしまうことがある。たとえば、舌形動物門は、すべて寄生性の種からなる門であるが、以前から節足動物との近縁性が指摘されてきた。最近になって分子系統解析により、甲殻類の鰓尾類に近縁であることが示された。このため分類者によっては、舌形動物門の独立は認められず、節足動物門に含まれる、とする。
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中生動物は少数の細胞からなる動物であるが、その起源については、単細胞生物が多細胞へ進化する過程の生物であるという説と、扁形動物など後生動物が寄生生活の結果退化的に進化したものであるという説がある。近年の分子系統分析では、後者の説の方が有力になりつつある。
寄生性の種は多くの場合、自由生活に必要な器官を失う。退化した器官は再び発達しないことが多い（ドロの法則・退化を参照）ので、寄生種が自由生活種に再び進化することはほとんどない。ただし、生活史の一部のみを寄生生活するものもあり、そのようなものではそれ以外の時期には真っ当な姿をしているので、この限りではない。狩りバチやスズメバチなどは寄生バチから進化したと考えられている。